日本におけるIOMの活動は、1980年代から2005年度末までの日本政府のインドシナ難民の家族呼び寄せ・定住受け入れの支援に始まり、今日に至ります。IOM駐日事務所は、約3,000人の日本への定住が認められたインドシナ難民の家族の呼び寄せを、出身国のIOM事務所と協力し、支援しました。
2008年12月の閣議了解により、日本も2010年からタイやマレーシアに滞在する難民の第三国定住を受け入れています。IOMは日本政府からの要請を受け、難民の出国準備、および日本までの移送等の支援をしています。具体的には、健康診断や生活ガイダンス・初級語学研修、滞在国政府からの出国許可の取り付け、航空券の手配、空港までの移送、搭乗の補助等を行う他、日本政府に対する情報の提供や受け入れる難民を決めるための政府面接ミッションの支援、受け入れコミュニティに対する難民の背景資料提供などを行っています
また、IOM駐日事務所は東南アジアからアメリカやカナダなどに移住する多数の難民の成田空港での乗り継ぎを日々、アシストしています。